Der Bundesrat hat in seiner 805. Sitzung am 5. November 2004 mit der Mehrheit seiner Stimmen beschlossen, gegen das vom Deutschen Bundestag am 18. Juni 2004 verabschiedete Gesetz gemäß Artikel 77 Abs. 3 des Grundgesetzes Einspruch einzulegen.
Begründung
Der Bundesrat hat sich in seinem Beschluss vom 2. April 2004 (BR-Drucksache 131/04(Beschluss) 
) eingehend mit dem ursprünglichen Gesetzentwurf der Bundesregierung befasst und ausführlich dazu Stellung genommen. Der Gesetzentwurf des Bundestages hat die zentralen Punkte dieses Beschlusses nicht aufgenommen und zudem wesentliche Teile des Entwurfs der Bundesregierung gestrichen.
Alle materiellen Regelungen zur Koexistenz sind vom Bundestag in einen nicht zustimmungsbedürftigen Teil aufgenommen worden. Die Verfahrensvorschriften, soweit sie den Ländervollzug betreffen, sollen erst nachträglich in einem zustimmungsbedürftigen Gesetz vorgelegt werden.
Das Ziel des Gesetzgebungsvorhabens, die Richtlinie 2001/18/EG des Europäischen Parlaments und des Rates vom 12. März 2001 über die absichtliche Freisetzung genetisch veränderter Organismen in die Umwelt auch für das deutsche Recht umzusetzen, ist daher nicht erreichbar. Zur Abwendung weiterer unvertretbarer Verzögerungen in der Umsetzung der EU-Richtlinie 2001/18/EG hält der Bundesrat weiterhin eine umfassende Überarbeitung des Gesetzes für erforderlich.
Dies betrifft u. a. die im Gesetz fixierten Koexistenzregeln. Der Bundesrat sieht sich im Übrigen in seiner Forderung durch die aktuellen Stellungnahmen der EU-Kommission bestätigt, in denen festgestellt wird, dass das Gesetz in seiner jetzigen Form mehrfach gegen EU-Recht verstoße.