Der Bundesrat hat in seiner 859. Sitzung am 12. Juni 2009 mit der Mehrheit seiner Stimmen beschlossen, gegen das vom Deutschen Bundestag am 23. April 2009 verabschiedete Gesetz gemäß Artikel 77 Absatz 3 des Grundgesetzes Einspruch einzulegen.
Begründung
Der Vermittlungsausschuss hat sein Verfahren am 10. Juni 2009 ohne Einigungsvorschlag abgeschlossen. Das Gesetz liegt dem Bundesrat damit erneut vor ohne dass dessen schwer wiegende Bedenken Berücksichtigung gefunden hätten. Der Bundesrat hatte in seinem Beschluss vom 15. Mai 2009 (BR-Drs. 379/09(B) 
) den Vermittlungsausschuss angerufen, um insbesondere Veränderungen in der Beimischungsquote und bei der Besteuerungshöhe von reinem Biodiesel und Pflanzenöl zu erreichen. Der Bundesrat sieht auf Grund der gegenwärtigen Rechtslage die Gefahr, dass die aktuell sehr schwierigen Rahmenbedingungen für die Produzenten von Biodiesel und Pflanzenöl in Deutschland dazu führen werden, dass ein durch gezielte staatliche Unterstützung entstandener Wirtschaftszweig vor dem Aus steht. In verschiedenen Beschlüssen hat der Bundesrat wiederholt auf diese Problematik hingewiesen.
Ziel des Bundesrates ist es, über eine steuerliche Regelung unter Berücksichtigung von Über- bzw. Unterkompensation der Biokraftstoffe in Bezug auf fossile Kraftstoffe einen Reinbiokraftstoffmarkt zu erhalten sowie die Regelungen zur Beimischungsquote so weiter zu entwickeln, dass insgesamt für die entsprechenden Unternehmen gerade in der derzeitigen schwierigen Wirtschaftslage eine Zukunftsperspektive besteht.
Ferner hat der Bundesrat beschlossen, folgende Entschließung zu fassen:
Im Interesse des Umwelt- und Ressourcenschutzes sowie der Biomasseerzeuger und der Hersteller von Biokraftstoffen hält der Bundesrat alsbald die Schaffung verlässlicher rechtlicher und wirtschaftlicher Rahmenbedingungen für dringend erforderlich.
Hierzu bedarf es einer der jeweiligen Marktsituation angepassten dynamischen Steuerregelung.
Der Bundesrat bedauert, dass die von ihm am 19. Dezember 2008 (BR-Drs. 830/08(B) ) geforderte Aussetzung der Besteuerung für Biodiesel und Pflanzenöl in Reinform und auch die zumindest geforderte Aussetzung der stufenweisen Anhebung der Energiesteuer für diese Produkte nicht erfolgt ist.
Der Bundesrat bittet, Biomethan als Biokraftstoff der zweiten Generation und damit als besonders förderungswürdigen Biokraftstoff anzuerkennen und dem entsprechend Biomethan auch in der Beimischung zu Erdgas bis 2015 steuerfrei zu stellen.